Waterra eDNA-Filter für Wasserproben

Waterra eDNA-Filter werden in unserer Reinraumanlage in Calgary, Alberta, Kanada, hergestellt. Jeder Filter ist einzeln verpackt und mit zwei Endkappen versehen, um einen Puffer zur Probenkonservierung aufzunehmen. Das Filtermedium ist in 5 verschiedenen Porengrößen von 0,1 bis 5 Mikron und in den Formaten 300 und 600 Quadratzentimeter erhältlich.

Hintergrundinformationen

Es besteht Interesse, einige Oberflächengewässer auf das Vorhandensein bestimmter Organismen zu untersuchen. Vielleicht wurde eine invasive Art festgestellt und man möchte ihr Vorhandensein feststellen. Oberflächengewässer wie Teiche, Bäche und Seen können mit Waterra eDNA-Filtern beprobt werden, indem Wasser aus diesem Körper durch den Filter gepumpt wird. Die DNA im Wasser wird vom Filter aufgefangen und kann zur Extraktion in einer Laborumgebung aufbewahrt werden.

Das „e“ in eDNA steht für Environmental (Umwelt) und „DNA“ ist Desoxyribonukleinsäure, von der bekannt ist, dass sie der Baustein des Lebens ist. DNA ist in den Zellen jedes lebenden Organismus enthalten und wird auf vielfältige Weise in die Umwelt abgegeben. Der Organismus kann in dem Gewässer oder Einzugsgebiet leben oder gelebt haben, ist hindurchgegangen oder wurde hineintransportiert. Unabhängig davon, wie sie dorthin gelangt ist, besteht die Möglichkeit, dass sich die DNA in der Wasserprobe befindet, die durch den eDNA-Filter verarbeitet wurde.

Ein Vorteil der Verwendung von Waterra eDNA-Filtern besteht darin, dass die große Oberfläche des Filters (entweder 300 cm² oder 600 cm²) es ermöglicht, große Wassermengen hindurchzuleiten. Proben von bis zu 100 Litern oder mehr, abhängig von der Trübung des Wassers, erhöhen die Wahrscheinlichkeit, eDNA der Zielart zu erfassen. Die Verarbeitung großer Proben wird schwierig, wenn man keine Pumpe verwendet.

Techniken zur Probenentnahme:

Stecken Sie einfach einen Waterra eDNA-Filter in Ihren Saugschlauch und platzieren Sie das Einlassende des Filters in dem zu beprobenden Gewässer. Lassen Sie das angegebene Wasservolumen durch den Inline-Einwegfilter laufen und fangen Sie dabei Partikel einschließlich eDNA im Filter auf.

Waterra bietet batteriebetriebene Schlauchpumpen an, die für den Feldeinsatz konzipiert wurden. Wir empfehlen, den Schlauchpumpenschlauch mit einem weiteren Stück LDPE- oder HDPE-Schlauch zu verbinden, an dessen Ende ein Filter installiert ist. Durch den Anschluss des Filters am Ansaugende kommen die Länge des PE-Schlauchs und der Schlauchpumpenschlauch selbst nicht mit der aufgefangenen eDNA in Kontakt. Dadurch entfällt die Notwendigkeit, den Schlauch für jede Probe auszutauschen.

Wenn dies nicht praktikabel ist, kann der Filter zwischen dem Schlauchpumpenschlauch und einem Einwegschlauchstück eingesetzt werden, das nach jeder Probenentnahmestelle ausgetauscht werden sollte. Waterra bietet ein komplettes System aus Pumpe, Schläuchen und eDNA-Filtern für eine solche Probenentnahme.

Sobald das gewünschte Volumen verarbeitet ist, wird der Filter vorsichtig von der Auslassseite her entleert, um keine im Filter aufgefangenen Partikel zu verlieren. Typischerweise wird eine Pufferlösung hinzugefügt, um die eDNA zu konservieren, obwohl Gefrieren und Trocknen alternative Konservierungsmethoden sind. (Bitte beachten Sie, dass Waterra keine Pufferlösungen anbietet). Setzen Sie eine Pufferendkappe fest auf die Einlassseite. Füllen Sie den Filter mit dem gewünschten Puffer, um die DNA zu konservieren, und setzen Sie die zweite Pufferendkappe auf, um den Puffer im Filter einzuschließen. Die Waterra-Endstopfen halten den Puffer und die eDNA für die weitere Verarbeitung zurück. Endstopfen sind in jeder versiegelten eDNA-Filtertüte enthalten.

Wir haben einen Artikel hier in der Zeitschrift Environmental Science & Engineering Magazine als Einführung in das Konzept der eDNA-Probenahme mit besonderem Bezug auf eine herausragende Abhandlung zu diesem Thema „Environmental DNA for Biodiversity Research and Monitoring“ von Pierre Taberlet, Aurélie Bonin, Lucie Zinger und Eric Coissac, veröffentlicht von Oxford University Press im Jahr 2018, verfasst.

Methode 1 zum Einfüllen von Puffer

Methode 2 zum Einfüllen von Puffer. Einige Forscher halten diese für effektiver.